另外，崔永元还和柴斌、中瀚投资基金管理有限公司共同拥有崔永元老滋味安全食品开发股份有限公司和崔永元老滋味食品开发长春有限公司。崔永元的公司领域包括食品开发、食品销售、食品交流等几个方面。
除了食品行业，崔永元还是多家文化类公司的股东，包括上海崔永元文化传播工作室、上海崔永元品牌管理有限公司、那维（上海）文化艺术交流中心、知彼（上海）文化传播工作室、上海永元投资发展有限公司、西藏永元文化传媒有限公司、永元影业（上海）有限公司和永元文化传媒（上海）有限公司。崔永元的商业版图蔓延至十几家公司。
在璞谷塘商城内的“小崔面对面”栏目中，有人提问，崔老师以后是不是就会把生活的重心转移到商业了，成为一个专职商人？他在视频中回答称：“这段时间，我要专心致志地做一个食品行业的商人。”并表示：“有一天你看到我拍电影或者排话剧去了，那就是说我们这个食品公司不用我操心了，或者说这个食品公司已经没了。”
商城仅有一款商品标明“非转基因”
在璞谷塘商城内，售卖“非转基因”大豆油。在售价为89元的5L装“璞谷塘大豆油”的产品简介中，写明了选用“优质原料精选非转基因东北大豆”，然而在售价为32元的750ml装的“璞谷塘大豆油”中，只写着“优质原料精选东北大豆”，没有标注“非转基因”。而杂粮“璞谷塘大豆”的简介中也只写着“甄选优质种子”，据媒体此前的报道可见，该大豆简介之前为“甄选非转基因优质种子”，后来被修改去掉了“非转基因”几个字。在“璞谷塘小玉米碴子”的简介中，也没有非转基因的标识。
我国对于转基因食品标识有明确而严格的规定。目前，中国批准商业化种植的转基因作物有棉花和番木瓜两种，批准进口用做加工原料的转基因作物有大豆、玉米、棉花、油菜和甜菜5种，尚未批准转基因粮食作物的商业化种植。2015年1月，农业部下发了《关于指导做好涉转基因广告管理工作的通知》，其中明确规定：“对我国未批准进口用做加工原料、未批准在国内进行商业化种植，市场上并不存在该转基因作物及其加工品的，禁止使用非转基因广告词；对我国已批准进口用做加工原料或在国内已经商业化种植，市场上确实存在该种转基因作物和非转基因作物及其加工品的，可以标明非转基因但禁止使用更健康、更安全等误导性广告词。”也就是说，如果是转基因食品，必须标注转基因；如果该类作物不存在转基因，不允许标注非转基因；如果该类作物存在转基因，但产品不是转基因，则可以标注非转基因，也可以不标注。
