2016年5月20日，原清华大学著名结构生物学教授颜宁，在微博上首先提出论文结果可重复性的问题。
5月26日，“未名空间”论坛上出现了“纯从科学角度分析韩春雨的文章”的帖子，认为韩春雨的论文从Ago理论上看行不通。
6月23日开始，“知乎”，“百度贴吧”等网络社交平台上，关于“韩春雨论文无法重复”的话题开始增加。
7月2日，韩春雨在百度贴吧“国际米兰吧”回复网络上的质疑。随后他便停止在网络上发声，并开始拒绝采访。
7月31日，来自澳大利亚、美国、西班牙等国的科学家在推特上指出，无法重复韩春雨NgAgo系统的基因编辑结果。这些声音刊登在由颜宁、文小刚、刘克峰三位国际著名科学家担任主编的《赛先生》科学新媒体平台上。
国外学者的公开质疑，各大媒体平台上又一次出现了“韩春雨”的名字。一些中国学者也开始发声，指出韩春雨论文结果无法重复。但也有零星学者表示，韩春雨的论文有效。
作为世界顶级学术期刊，刊登任何一篇论文都要经过严格地审查，对中国科研人员来说，更是如此。韩春雨的论文也同样经历了这个过程。
但是，科研论文是否具有可重复性，是科学研究的重要基础之一。面对质疑，《自然生物技术》杂志在2016年11月19日宣布，“介入论文调查”。
就在质疑声浪的此起彼伏之时，河北省发改委完成了“2.24亿人民币建设河北科技大学基因编辑技术研究中心”工程项目的批复，同时开始采购进口仪器设备。国家自然科学基金委员会网站上也显示，为期两年的“NgAgo基因编辑技术的完善及应用探究”项目获得了100万元的项目资金。
舆论几乎一边倒地认为，只要论文结果无法重复就可能是学术不端，甚至造假之时，也有少数学者认为，现在下结论还太早。中国古生物科学家徐星，就希望公众可以给科学一个验证时间，在科学的范畴解决问题。
